2000 – 2001
Památka zařazena do Projektu záchrany architektonického dědictví a díky této podpoře proběhly přípravné práce a bylo zpracováno zaměření objektu, proveden projekt pro stavební povolení a statické zajišťování. V roce 2001 byly také zahájeny první práce na statickém zajištění. Ve východním křídle provedena obnova odbouraných prevétů, visutých na kamenných krakorcích.
2001 – 2002
Byla odstraněna přístavba z 50-tých let na nádvoří, aby se mohlo obnovit nádvorní schodiště, dále obnažen vstup do zasypaných suterénů a započato jejich vyklízení. Proveden archeologický výzkum. Po vyklizení suterénu jižního křídla a statickém zajištění narušených konstrukcí v této situaci, započaty též práce na náročném odvodňování spodních vod na skalním podloží. Proběhla obnova zřícené části průjezdu, včetně téměř poloviny klenutí. V okolí zámku, zejména v jeho severním předpolí byly vyklizeny devastující tzv. „černé stavby“ a skládky odpadků, včetně některých ploch, využívaných k nevhodným účelům.
2002 – 2003
Práce se soustředily na další statické zajišťování. Byla rozebrána podstatná část vložené sýpky v patře a po odklizení utilitárních konstrukcí a zásypových vrstev zahájena obnova vnitřního schodiště v severním křídle, včetně stoupajících křížových kleneb. V patře severního křídla také proběhla vyzdívka nosných vnitřních vertikálních konstrukcí v plné síle a prostory postupně uváděny do stavu před devastačními zásahy hospodářských úprav. V patře východního křídla rovněž provedeny vyzdívky některých nosných konstrukcí, před lety odstraněných a zahájena obnova komínu dýmníku bývalé „černé kuchyně“ s kopií kamenného krbu v patře.
2003 – 2004
V tomto období se podařilo pokročit velmi výrazně. V jižním křídle byla po vyklizení probořených sklepů realizován prostor budoucí kaple (umožněno významnou pomocí z prostředků Kraje Vysočina), za ní pak v situaci jihozápadního křídla byl po provedeném záchranném archeolog. průzkumu snížen terén, založeno odvodnění skalního podloží a do podzemí v místě někdejších sklepení vložena klenutá hrobka s komorami. Prostor je uzavřen masivní žulovou deskou v podlaze nově vybudované kapitulní síně hned za kaplí. Tento prostor není jen sepulkrálním, ale umožňuje zároveň pomocí drenážního a samospádného ventilačního systému velmi účinně vysoušet historické zdivo, do kterého je tato konstrukce vložena. V tomto roce pak ještě proběhly další práce na statickém zajišťování, provádění podélných vnějších a některých vnitřních drenáží. V interiérech patra byly zhotoveny první konstrukce dřevěných záklopových stropů, prozatím jen v hrubé trámové kostře z ručně tesaných trámů. Na nádvoří proběhla v jihozápadním koutě obnova schodiště a to nad současným vstupem do kaple. Tesařské práce byly opět provedeny tradičními postupy. V patře východního křídla se díky nevšednímu pochopení a vstřícnosti firmy Unistav Brno podařilo zrekonstruovat historický trámový strop, jehož části pocházejí z druhotně použitých konstrukcí v domě Pánů z Lipé Brno.
2004 – 2005
Opět pokračující práce na statickém zajišťování, vloženy další předpjatá lana, stahující objekt, prováděny injektáže a odvodňovací práce. Dále byly provedeny obnovy některých kleneb, další tesařské práce na obnově trámových stropů, vyzděny masivní nosné vertikální konstrukce – vnitřní zdivo (některé obnovovány v původní síle až 130 cm). Z prostředků obce zahájeny práce na zřízení sociálního zázemí v přízemí východního křídla, přístupné z nádvoří. V roce 2004 opět za přispění z rozpočtu Kraje Vysočina a obce Str. Zhoř byla stavebníkem realizována obnova rozsáhlého klenutí v přízemí severního křídla, čímž vznikla prostora nynějšího refektáře.
2005 – 2006
I v tomto období byly práce, vyjma dalších statických zajištění, injektáží a sanací zdiva soustředěny na odvodnění zámku. Tentokrát proběhlo velmi účinné odvodnění v prostoru severního křídla a jeho předpolí. Tyto práce umožnilo definitivní rozhodnutí o realizaci vstupní přístavby v místě někdejší hodinové věže. V rámci této akce byl postaven kamenný portál zámku, osazen nápisovou deskou a vstup byl zaklenutý a napojený na stávající průjezd. Po téměř 180 letech tak má zámek opět důstojný vstup. Dosud je postavena pouze přízemní část, druhá, dosahující ke střeše bude teprve realizována. Dále proběhly práce na obnově prvního komínového tělesa a to v rámci sanace narušeného zdiva po jeho někdejším zbourání. Nyní se na tomto místě již vypíná komín nový, včetně hlavice.
2006 – 2007
V roce 2007 se prováděly práce především v situaci přízemí severního křídla, včetně obou nárožních rondelů. Kromě odvodnění celého objektu byl kladen důraz na zemní práce, za podmínek archeologického dozoru. V souvislosti s těmito pracemi se odstraňovaly utilitární, devastační, železo-betonové stavební konstrukce z 60. let 20. století, což obnášelo převážně ruční extrakci značné stavební suti. V místech statického poškození obvodového zdiva byly instalována další předpjatá lana, čímž se nakonec zachránilo obvodové zdivo v doposud havarijním stavu, před jeho zřícením.
2007 – 2008
V roce 2008 se realizovaly nové omítky v prostorách průjezdu a hlavního schodiště, včetně osazení nových dřevěných stupňů. V druhé polovině roku započaly práce na obnažení zbořeného kamenného sklepa, přiléhajícího na SZ vnější zdi zámku, včetně archeologického výzkumu. V rámci kterého bylo zjištěno že se jedná o zdroj vody objektu v místech bývalého zbořeného sklepa.
2008 – 2009
Díky celkové extrakci suti a bahna se podařilo začátkem roku 2009, v SZ části zámku, obnažit základy kamenného sklepa. Na základě tohoto nálezu bylo možné zkreslit podobu bývalé kamenné klenby, na jejíž obnově se v tomto roce začalo pracovat. Během neustálého odčerpávání přitékající vody ze skalního masivu se postavilo dřevěné bednění, na kterém bylo ze štípaného lomového kamene obnoveno klenutí, do kterého se zřídila cisternová šachta vystavěna z tesané žuly. V návaznosti na tyto práce se obnažilo erodované zdivo základu západního křídla, které se podařilo zachránit a obnovit.
2009 – 2010
V roce 2010 započala práce na nádvoří, zejména na havarijní situaci celého jihovýchodního rohu. Po kompletní extrakci suti a obnažení původního stavu zdiva, započaly práce na kompletní obnově. Byla provedena obnova poškozeného zdiva, vnitřního stávajícího schodiště, včetně cihelného křížového a valeného klenutí. V patře se pak vybudoval klenutý nárožní průchod se zastřešením, který završil obnovu JV nádvorního rohu a vytvořil tak hmotovou protiváhu již stávajícího nádvorního schodiště.
2010 – 2011
Od roku 2011 se realizoval kompletní projekt obnovy prostor bývalé Černé kuchyně, který byl uveden do rekonstruovaného stavu koncem roku 2014. Nachází se ve východním křídle zámku a je přístupna přímo z nádvoří. Před rekonstrukcí byla ve velmi havarijním stavu, (foto zde), víc jak polovina byla zasypaná stavební sutí a zalitá 15cm betonovou deskou z 20. století. Obvodové zdi byly značně poškozené, veškeré okenní otvory poničené, či přezděné a klenba ve velmi špatném statickém stavu, což nakonec vyústilo ve zřícení téměř třetiny její plochy. Po archeologickém výzkumu, nastalo náročné ruční odtěžování a vyvážení suti. Následně začaly práce na odvodňování, vytvoření drenáží, zednické opravy poškozených situací (okenní, dveřní i dýmníkové otvory, vynašecí pas, dozdění zřícené části klenby a další), díky kterým vznikla na hrubo prostora Černé kuchyně bez podlah, oken, dveří, či omítek .
2011 – 2012
Díky dosluhující střešní krytině z 50. let je zapotřebí kompletní přeložka celé střešní krytiny za novou a lokální opravy poškozených dřevěných konstrukcí. Bohužel kvůli nedostatku financí bylo možné zahájit obnovy střechy pouze lokálně a postupně. Tato dlouhodobá obnova zastřešení objektu začala výměnou celého krovu SV a JV rondelu. Byly vyrobeny nové dřevěné konstrukce rondelů, včetně námětků, výměna některých vazných trámů, klempířské prvky (úžlabí, apod.), zednická obnova poničené římsy a kompletní ukotvení krovů, včetně pokládky druhotně použité krytiny – taška bobrovka, kvůli jednotné vizuální patině i finančním možnostem vlastníka. Kromě této akce pokračovali souběžně dodatečné práce na obnově Černé kuchyně.
2012 – 2013
Pokračující práce na obnově střešní krytiny a krovů, tentokrát v situaci jižního křídla zámku. V podkroví této části bylo za minulého režimu zřízeno učiliště, které bylo násilným způsobem vloženo do dřevěných konstrukcí krovů, což značně poškodilo jejich nosnou vazbu. Všechny tyto zásahy (dřevěné budníky, eternit, sklená vata a další utilitární konstrukce) bylo zapotřebí odstranit, aby se dalo začít pracovat na obnově. Ta spočívala v přezdění poničené římsy i dozdění zbouraných poškozených částí obvodového zdiva, dále protetika vazných trámů, kompletní pozednice, lokální opravy, či výměny krokví, střešních latí a následná přeložka druhotně použité krytiny – taška bobrovka. I v tomto roce se souběžně dělali další práce a to jak na obnově vstupní věže zámku, tak některé dílčí práce v Černé kuchyni.
2013 – 2014
V roce 2014 se přesunuli práce na severní průčelí objektu. Jelikož postoupili zednické práce na obnově vstupní věže, bylo možné v patře S křídla zámku začít vyzdívat navazující konstrukce v místě budoucího sálu. Dokončila se první etapa obnovy vstupní věže až po okraj římsy zámku, včetně kamenných prvků okenních ostění a další křížové klenby ve věži. V návaznosti na tyto práce bylo zapotřebí značného přesunu stavebních hmot ručně z důvodu komplikovaného přístupu do patra zámku. Tímto vznikla prostora budoucího sálu, kde se podařilo osadit trámový strop se záklopem, čímž vznikla další přístupná část půdy. Návazná etapa obnovy vstupní věže bude spočívat ve vystavění ještě jednoho patra nad římsu zámku a následného zastřešení cibulovou střechou.
2014 – 2015
V následujícím roce 2015 se práce soustředily na opačnou stranu zámku, konkrétně na situaci jihovýchodního nároží zámku a jižního schodišťového traktu. V rámci zednických prací se zde vystavělo od základů celé vnitřní těleso jižního schodiště, včetně kamenných schodů, vnitřního zdiva, křížových a valených kleneb. Díky těmto pracím se tak obnovila vnitřní komunikace J části zámku mezi suterénem a patrem a dala nahrubo vzniknout prostorám budoucího technického zázemí.
2015 – 2016
Kvůli havarijnímu stavu nádvorní stěny a potřebám zvýšení užitnosti zámku pro veřejné akce se obnova pro rok 2016 soustředila na přízemí Z křídla zámku v místech budoucí „pivnice“. V rámci tohoto roku se podařila zachránit velmi poškozená nádvorní stěna v celém rozsahu. Vzniklo nové kamenné ostění, které slouží jako vstup. Podařilo se zachránit relikty dochovaného kamenného výdejového okna, které se po doplnění překladu znovu nainstalovalo do zdiva objektu. V rámci vnitřních prací v prostoru pivnice se pracovalo na odtěžování značné hmoty stavební suti zalitou betonovou deskou z minulého století, vyzdívek vnitřního zdiva a cihelné podlahy, spolu se vstupem do gotického sklepa (původní základy tvrzi).
2016 – 2017
V roce 2017 se zaměřila hlavní činnost na pokračující stavební práce na obnově kaple a přilehlé kapitulní síně v J křídle zámku. V návaznosti na předchozí práce se v presbytáři realizovala nová žulová dlažba, včetně profilovaných žulových schodů, spolu s hlavním oltářem kaple. Vznikl nový kamenný vstup s tesaným řádovým křížem do kapitulní síně, včetně dokončení klenutého schodiště na kúr. Další práce se pak soustředily na dodělávky omítek kleneb a obvodových zdí kaple i kapitulní síně a další související stavební práce.
2017 – 2018
Pro rok 2018 byla stěžejní práce na rekonstrukci SZ nároží zámku. Zejména pak zajištění havarijního stavu celého SZ rondelu a obnova přilehlého prostoru, dnes tzv.: „vodního sklepa“, kde je skalní cisterna s trvalou zásobou spodní vody. Podařilo se zachránit poškozené obvodové zdivo rondelu, včetně zajištění statiky předpjatým ocelovým lanem a konstrukci krovu. Ve vnitřních prostorách došlo k výstavbě masivní kamenné klenby, která uzavřela sklepní prostor, včetně obnoveného nástupu s kamenným ostěním.
2018 – 2019
Z důvodu plánované akce „Benedikce zámecké kaple“ a jejího uvedení do provozu se soustředilo v roce 2019 na dokončující práce prostoru kaple, vybudování zpovědní místnosti a dodělávky v místech kapitulní síně (sakristie). Byl zrealizován hlavní kamenný oltář s obrazem Sv Bernarda z Clairvaux v náručí Krista. Započala práce na dřevěných lavicích, Ambóně a dokončila se cihelná podlaha kaple, včetně vybudování „Ossária“. Došlo k dokončení elektrifikace, osvětlení prostor a instalace kované mříže.
2019 – 2020
Na rok 2020 byla plánována rekonstrukce střechy S křídla zámku včetně opravy krovů, ale bohužel kvůli pandemii Covid-19 a dalším návazným okolnostem došlo k značnému omezení stavební činnosti i financování, což mělo za důsledek zpomalení obnovy zámku. V tomto roce se orientovalo spíše na údržbové práce a další práce na přípravě prostory technického zázemí (dílny) zámku.
2020 – 2021
V roce 2021 se pokračovalo na dokončení technického zázemí (dílny). Dodělala se elektrifikace, omítky, dveřní a okenní výplně a uvedla se místnost do provozu. V rámci tohoto roku začala výstavby knihovny v patře zámku pro uložení knižního fondu Řádu. Jedná se o dřevěné knihovní skříně z masivu, které se staví podél obvodového zdiva prostory a postupně obklopí okenní i dveřní výplně a zaplní celou místnost.
2021 – 2022
Následující rok 2022 se dělala povrchová úprava nádvoří. Došlo k terénním vyrovnávkám, zavožení prosívkou a díky akvizici kamenných dlažebních kostek se započala výstavba chodníků podél obvodu nádvoří. Díky technickému zázemí probíhají návazné truhlářské práce na knihovních skříní.
2022 – 2023
V roce 2023 se kromě pokračujících prací z minulých let realizovala výměna některých poškozených trámů krovu, pozednice a došlo k přeložce střešní krytiny v lokálních místech S křídla. Započaly se terénní úpravy v JV části zámku, včetně dostavby kamenného tarasu.
2023 – 2024
Díky četným brigádám se povedlo v roce 2024 pokračovat v terénní práci kolem zámku, převážně celé jižní strany. Práce se také soustředili na dostavbu technického zázemí (sprch) v místech JV nároží, kde se po odtěžení na skalní podloží započalo s drenáží, odvodněním a lokální opravou poškozených obvodových zdí. Dále se v tomto roce také započala výstavba tzv.: „bílé kuchyně“ v SZ nároží zámku, která bude sloužit pro potřeby prostor refektáře a pivnice.
2024 – 2025
Rok 2025 bude doplněn